רקע וביוגרפיה
רבי יעקב יהודה לייב נולד לאביו רבי יצחק מזאלקווא. הוא היה דמות מרכזית בעידן בו מז'יבוז הייתה מוקד רוחני עוצר נשימה, והייתה ידועה כמקום שבו התעוררו נימים חבויים בנפש כל יהודי. מאות אלפי חסידים ויהודים פשוטים עלו לרגל למקום זה, כדי להקביל את פני רבם, לקבל הדרכה רוחנית או לבקש ישועה.

הרבנות במז'יבוז
באותם שנים, בהן מז'יבוז נחשבה למושבו של קדוש ישראל הבעל שם טוב, כיהן רבי יעקב יהודה לייב כרב אב"ד ומו"צ בעיר הקודש. תפקידו כלל ניהול ענייני בית הדין והובלת הקהילה ברוח ערכית עמוקה ובאורח חיים חסידי מסור.

התנגדותו לבעש"ט
על אף קרבתו לאנשי החסידות, רבנו הושפע ממסורתו ובחר להתנגד לגישת הבעל שם טוב. סיפור מובהק מתאר לילה של יום טוב ראשון של סוכות – חג שבו קיומה של מצוות ישיבה בסוכה הוא מדאורייתא. באותו לילה ירדו גשמים חזקים, מלוויים ברוחות עזות ורעמים, עד שלא הייתה אפשרות לשבת בסוכה. רבנו הביע צער עמוק על כך שנבצרה ממנו קיום מצוות החג. כאשר חלק מבני העיר הציעו לו לגשת לסוכתו של הבעל שם טוב, במקצוע נס שבו לא יורדים גשמים, רבנו פעל מייד – יצא מביתו ופנה לעבר הסוכה. עם הגעתו, גילה כי למרות הגשמים החזקים מחוץ לסוכה, הפנים היו נוחים וחמים. הוא קידש על היין, נטל את ידיו, בירך את המוציא, וישב בסוכה, אכל כזית לחם ובירך ברכת המזון, אך מיד לאחר מכן עזב את המקום מתוך תחושת אי נוחות להמשך שהותו בסוכתו של הבעל שם טוב.

פטירתו והליכה בדרכו
בסמוך לזמן פטירתו, בשל זקנותו, התפטר רבנו מתפקידו, ולא היה בכוחו לשאת עוד את עול הרבנות. על פי נוסח המצבה, "פ"נ הרב הגדול המפורסם של שלשת היוחסין – מ"ו יעקב יהודה לייב ז' אב בית דין מורי צדק דפה ו"ה המופלא מ' יצחק – נפטר ברחמי ה' בראש חודש אדר א' בשנה התקי"ח, בתנצב"ה."
הערה: לפי נוסח זה נראה כי יום פטירתו הוא א' אדר, אם כי ייתכן שהכוונה היא ליום ל' שבט.

מקום קבורתו
למרות השאלות סביב האם רבנו חזר בו מהתנגדותו לבעל שם טוב במהלך חייו, המסורת מעידה כי בסופו של דבר נחתו ענייני החסידות והסתיים הפער בינו לבין הבעל שם טוב. ידוע כי הבעל שם טוב ביקש לפני פטירתו להיקבר בסמוך לרבי יעקב יהודה לייב – וכך, רבנו נקבר בסמוך לבעל שם טוב. לפי המסורת, לאחר פטירת הבעל שם טוב, שנפטר בשנת התק"ך (שנתיים לאחר רבנו), נקבר כפי שביקש, בסמיכות לקברו של רבנו.