רבי נפתלי כ"ץ, נולד בשנת 5ת"כ, בעיר אוסטראה שבאוקראינה, לאביו רבי יצחק הכהן שהיה דרשן בפראג ואב"ד ור"מ בק"ק סטעפאן ודרשן ור"מ בק"ק לובלין.
בצעירותו נלקח בשבי הטטארים אך הצליח לברוח.
בהגיע עתו עת דודים נשא לאשה את מרת אסתר שיינדל בת רבי יוסף שמואל שמעלקא 7ק אב"ד אוסטראה, אשר מינהו לראש ישיבה וגבאי בית המדרש אותו הקים מכספו בעיר אוסטראה.
באותה עת עזב אביו את מקום כהונתו בעיר סטעפאן לטובת העיר לובלין ורבנו הוזמן אחר כבוד למלא את מקום אביו, רבנו כיהן כאב"ד סטעפאן שנים מספר ואף כתב ספר תורה בכתב ידו אשר נכנס ברוב פאר והדר לבית הכנסת הגדול בעיר, כל שבת שמברכין בו את החודש או בהגיע אורח נכבד לשבת, היו בני העיר קוראין בספר תורה זה, שנים לאחר שנפטר רבנו פרצה בעיר סטעפאן שרפה גדולה אשר כילתה את כל העומד בדרכה את בית הכנסת וכל מה שהיה בתוכו וכשהגיע לארון הק' נכבא האש וספר התורה ניצל, ויהי לפלא.
עם פטירת חותנו רבי שמואל שמעלקא 7ק חזר לאוסטראה למלאות מקום חמיו ולכהן כאב"ד ור"מ אוסטראה וגליל אוקראינה כולה.
בשנת 5תנ"א הוזמן לכהן כאב"ד פוזן שבפולין והגליל, באותה שנה נתן הסכמה לספר 'בית הל30 בחתמו "נאם נפתלי הכהן מפוזנן והגליל".
לפני בואו לפוזן סבלו בני העיר לא אחת משרפות שכילו בתים שלמים, בהגיעו לדור בעיר קבע מחוץ לקירות ביתו ראש של צבי ובתוכו נתן שמות קודש ובכך פתר את בעיית השריפות שהיו באיזור זה.
בשנת 5תס"ד נערכו פרעות ביהודי פוזן ואסון נורא פקד את בית רבנו בהלקח מאתו בנו הי"ד.
באותה שנה שנת 5תס"ד עבר רבנו לכהן כאב"ד ור"מ בעיר פראנקפורט דמיין שבגרמניה, שם שקע עצמו בתורת הנסתר ובחכמת הקבלה, גילה אחד עשר פרקי תהילים שבקריאתם זוכים לישועה.
בהסכמה שנתן על הספר 'דברי זכרון' חתם "נפתלי הכהן הרובץ בין המשפתים ק"ק פוזנא והגליל וק"ק פרנקפורט ד"מ אדר"א תס"ד".
באותה שנה אף הדפיס את ספרו "ברכת 5".
אולם לא הרבה ארכו ימי שבתו ומנחותו כי ביום כ"ד שבט 5תע"א פרצה מביתו אש ששרפה כחמש מאות בתים וארבעה יהודים נספו, בספר מזכרת לגדולי אוסטראה כתוב כך: " ויען כי מביתו של הג"מ נפתלי יצאה ההבערה רצה מושל העיר לתופסו בבית האסורים והוכרח הג"מ מוהר"נ כ"ץ לעזוב את העיר למלט את נפשו", במקומות אחרים נאמר שמושל העיר הושיבו בכלא ושחררו לאחר מכן בתנאי שלא יחזור.
לאחר שעזב את פראנקפורט דמיין היה רבנו חותם בהסכמות "אוד מוצל מאש נפתלי הכהן".
משם עבר לפראג לשמש כרב בישיבת רבי דוד אופנהיים, שם פגש את נחמיה חיון שהיה חברו של שבתאי צבי שר"י אשר הוציא ממנו בעורמה הסכמה על ספרו, לאחר שרבנו הבין עם מי יש לו עסק התחנן בפניו שיחזיר לו את הסכמתו, אך ללא הועיל, מרוב צער חלה רבנו.
מיד לאחר שהבריא עבר לעיר ברסלאו ויחד עם רבי צבי אשכנזי המכונה החכם צבי החרימו את נחמיה חיון שר"י.
משם המשיך לליסא, חלה בשנית, הבריא ושב לברסלאו ומשם חזר לעיר הולדתו אוסטראה, שם כיהן בנו רבי בצאלאל כ"ץ כאב"ד העיר, אעפ"כ בהסכמתו שנתן על ספר 'הלכה ברור5 חתם "נפתלי הכהן אבד"ק אוסטראה תע"ד", בני העיר קראוהו "הרב מפוזנן".
בשנת 5תע"ז נפטר גם בנו רבי בצלאל כ"ץ.
שנה לאחר מכן בשנת 5תע"ח אחר חג השבועות החליט רבנו לעלות לארץ ישראל, שם קיבלוהו כ"נשיא ארץ ישראל" בעיר צפת, במהלך דרכו עבר בעיר קושטא (איסטנבול) שם חלה את חוליו האחרון, ובכ"ד טבת 5תע"ט החזיר את נשמתו ליוצרו.
צרות רבות פקדו את רבנו במהלך שנות חייו, גלות ארוכה עבר בעת שנדד ממקום למקום, שני בניו מתו בחייו ואם כל זאת חיי חיים מלאים בתורה ובעבודת 5, כתב ספרים מלאי תוכן.
עניו ושפל רוח היה רבנו בצוואתו כתב: "אני גוזר בחרם ובחרם אבותי שלא יספדוני בשום מקום, ומיד יכתבו על הפאטש'טון מקום אשר יגיעו השלוחין שגזרתי בחרם שלא יספדוני לא בבית עלמין ק"ו לא בבית הכנסת, ואף בלא הספד לא ישבחוני בשום תואר צדיק או חסיד ודומה, רק כה ישבחוני, שהיה למדן על הדף ולמד לימוד יפה ונאה אף בדרושים והכל קרוב לאמת, ובדבר זה אדבר בעלמא דקשוט נגד מלכים ולא אבוש, ומה שעשו לי בעלמא דשקרא היה מצד גאוה והקנאה. ועל המצבה שלי לא יחקקו שום שבח רק זה הלשון ולא יותר: פה נטמן הרב מוהר"ר נפתלי הכהן בן הרב הגדול המופלג בדורו מוהר"ר יצחק הכהן משלשלת היחוס כמה גאוני ארץ ראשי משפחתו מכל הצדדין ויחוס הכהונה עד אהרן הכהן לא-ל עליון."