החפץ חיים נולד בעיירה ז'עטיל במחוז הורדנה (היום בבלארוס), ואת ימי נעוריו בילה בלימוד תורה בוילנה, שם נודע כעילוי. נשא לאשה את אחותו החורגת, כדי שלא יווצר קרע בנישואי אמו. החפץ חיים הושפע מרבי נחומקה מהורדנא (שלמד בישיבת וולוז'ין). התגורר בעיירה ראדין הסמוכה לוילנה, שם הקים ישיבה הידועה בשם "ישיבת ראדין" ועמד בראשה. בשנת 1873 הוציא את ספרו הראשון, "חפץ חיים", העוסק בהלכות איסור לשון הרע. ב-1884 הוציא לאור את חלקו הראשון של ספרו המשנה ברורה. התעקש שלא לקבל שכר על רבנותו ואת פרנסתו מצא בחנות מכולת שהייתה בבעלותו ובמכירת ספריו בעילום שם. עמד בקשר עם שאר רבני אירופה בתקופתו, ובין השאר השתתף בייסוד אגודת ישראל ותמך בהקמת רשת בתי הספר לבנות בית יעקב.
מפעלו הציבורי הראשון היה בתחום שמירת הלשון, לשם כך חיבר את ספריו "חפץ חיים" ו"שמירת הלשון". נודע כמי שיישם בעצמו הלכות אלו ונזהר מאוד מכל לשון הרע.
הדגיש באופן כללי את חשיבות המצוות שבין אדם לחברו, ולשם כך כתב את ספרו "אהבת חסד" וספרים נוספים.
ספרו החשוב והנפוץ ביותר הוא המשנה ברורה, שהוציא בשישה כרכים בין השנים תרמ"ד-תרס"ז. זהו חיבור הלכתי על סדר אורח חיים של השולחן ערוך, שמסכם את חידושי ההלכה בספרים שהתחברו אחרי השולחן ערוך, ובמידת הצורך מכריע במחלוקות ביניהם, על פי סוגיות התלמוד וכתבי הראשונים. במקרי ספק שאין בהם הכרעה ברורה הוא ממליץ לרוב להחמיר, אך אינו מחייב. עם השנים הפך הספר לקודקס ההלכתי החשוב ביותר של הציבור האשכנזי (ובעל השפעה רבה גם על עדות המזרח).הוא סבר כי קביעת התלמוד לגבי נשים ולימוד תורה התייחסה לנסיבות מסוימות שאינן חלות עוד. הן הניחו קיומה של אווירה שבה "מסורות ומנהגים עתיקי