רבי יוסף בן נאים נולד בסוף חודש אלול בשנת תרמ"ב (1882) בפאס שבמרוקו. מוצאה של משפחת בן-נאים ממגורשי ספרד אביו, רבי יצחק, הביא לבנו מורים חשובים, בהם הרב יוסף כהן (בין השנים תרנז -תרס 1896-1900). בן נאים נתמנה לסופר גיטין בעיר מגוריו פאס. אביו לימד אותו את מלאכת השחיטה והבדיקה.
בשנת תרע"ב (1912) נבחר הרב לשליח הציבור ורב בית הכנסת של 'התושבים' [כינוי ליהודים שישבו במרוקו לפני בוא המגורשים בשנת רנ"ב (1492)]. הוא כיהן בתפקידו במשך 27 שנים. היה מראשי הדורשים באירועים שונים בעיר פאס ובערים הסמוכות לה.
הרב שקד על תורתו בספרייתו הגדולה, והעלה על הכתב את חידושיו ופירושיו. שמה של ספרייתו הענפה יצא למרחוק, והנשיא יצחק בן צבי ביקש כי יעלה ארצה עם ספרייתו, שכללה כעשרת אלפים ספרים. הספרייה נרכשה לאחר מותו על ידי בית המדרש לרבנים בניו יורק אך שריפה שפרצה במחסן בו היו הספרים, הותירה מאה שלושים וארבעה ספרים בלבד.
חיבוריו :
שארית הצאן - בו השיב הרב בשאלות הלכה ודן בדיני אישות ודיני ממונות.
צאן יוסף כל חדש - בו דן הרב בעניינים בנושא השבת ושאלות הקשורות להתפתחות הטכנולוגית. בתשובותיו השתמש הרב בספרות רבנית ענפה שבספרייתו.
מלכי רבנן - בו כתב הרב על פועלם של חכמי מרוקו.
נוהג בחכמה - בו מביא הרב את מנהגי מרוקו וטעמם.