נולד לפייגא ולרבי אשר מסטולין, בנו של רבי אהרון הגדול מקרלין מייסד החסידות. נישא לחוה בתו של רבי מרדכי קרמניץ שהיה בנו של רבי יחיאל מיכל מלזוטשוב , בהיותו בן 25 שנה, התמנה לאדמו"ר בקרלין במקום אביו. בשנת תרכ"ד עבר להתגורר בעיירה סטולין הסמוכה.
בנוסף לגדלותו בתורה היה רבי אהרן גם בעל כושר ארגוני וב-45 שנות הנהגתו גדלה מאוד השפעת החסידות. עיירות שלמות על תושביהן הצטרפו לחסידות קרלין ובמועדים היו אלפים מגיעים לחצרו. כמו אביו, תמך גם הוא ביישוב החסידי בארץ ישראל שבו הייתה נציגות גם לחסידי קרלין עוד מימי עליית דודו, רבי יעקב, בנו של רבי אהרן הגדול מקרלין. בין היתר פעל לחידושו של בית הכנסת של רבי מנחם מנדל מויטפסק. קבוצה קטנה נוספת מחסידיו התגוררה בירושלים ביניהם רבי דוד צבי שלמה בידרמן האדמו"ר מלעלוב
רבי אהרן מקרלין נפטר בי"ז בסיוון ה'תרל"ב (1872) בדרכו לחתונת נכדתו ונקבר בעיירה מאלינוב שבוואהלין. את מקומו מילא בנו רבי אשר מסטולין (השני) שלא האריך ימים ונפטר כשנה לאחר אביו. בנותיו היו ציפורה אשת רבי דוד טברסקי מזלטיפולי, בנו של רבי יוחנן טברסקי מרחמסטריווקא ומרים, אשת רבי אברהם יעקב מסדיגורה, בנו של רבי ישראל מרוז'ין.
ספרו 'בית אהרון' :
ספרו של רבי אהרן השני מקרלין, "בית אהרון", מאסף את חידושי תורתם של אדמו"רי קרלין, ונחשב לספר היסוד של חסידות קרלין בפרט ושל החסידות בכלל. הודפס לראשונה לאחר מותו, בברודי בשנת ה'תרל"ה (1875) ומאז הודפס בעוד ארבע מהדורות, ובעשרות אלפי עותקים.
שם הספר נבחר על ידי רבי אהרן מקרלין על סמך תשובה שהשיב סבו, רבי אהרן הגדול מקרלין, למקורו של פיוטו "יה אכסוף" בתשובה "הוא כתוב בספר בית אהרן", תשובה שהיוותה כרמז לשם ספרו. בספר מופיעים חידושי תורתו של רבי אהרון הגדול ושל בנו רבי אשר מסטולין, אך רוב הספר הוא חידושי תורה של רבי אהרון השני מקרלין. בראש הספר ובסופו מופיעים הנהגות שונות שכתבו אדמור"י קרלין לתלמידיהם. מלבד זאת, כולל הספר חידושי תורה של רבי אהרן מקרלין לפרשת השבוע, אמרות חסידיות מלוקטות בשמו ואגרות ששלח לחסידיו ולבנו.
בשנת תשס"ז נדפס הספר שוב על ידי רבי ברוך מאיר יעקב שוחט האדמו"ר מקרלין, עם תוספות מכתבי יד של זקני חסידות קרלין. מאמר ביליוגרפי מקיף על ספר בית אהרן, כתב הרב אברהם אביש שור בקובץ בית אהרן וישראל בהוצאת מוסדות קרלין סטולין.
מקום קבורתו
בעיר דרוהוביץ' (יידיש: דראביטש; אוקראינית: דרוגוביץ') שבמערב אוקראינה, העמידה לאחרונה האגודה מצבה, לסימון בית החיים היהודי העתיק בעיר, שמצבותיו נעקרו ובתי מגורים נבנו על חלקו.בבית הקברות טמונים, בין היתר – כפי שמציינת המצבה – כמה מתלמידי הבעש"ט זיע"א; הרה"ק רבי אשר (השני) מקרלין, הרה"ק רבי אליהו דרוהוביטש תלמידו של החוזה מלובלין והרה"ק רבי אלעזר ניסן טייטלבוים, בנו של הרה"ק בעל "ישמח משה".
המצבה הוקמה במקום בו, על פי עדויות, עמד האוהל שעל קברו של הרה"ק ר' אלעזר ניסן טייטלבוים.